Die Geschichte des Klosters beginnt mit Gallus, der sich 612 im Steinachtal niederliess. Bald schon sammelten sich Schüler um ihn, die auch nach seinem Tod (an einem 16. Oktober um 640) eine Gemeinschaft bildeten. Der Priester Otmar führte am Gallusgrab das Klosterleben ein, das sich später nach der Benediktsregel ausrichtete. Es wurden Wohnstätten für die Mönche, eine Kirche aus Stein, eine Herberge für Arme und ein Haus für Aussätzige gebaut. Die Schenkung umfangreichen Landes durch alemannische Einwohner brachte dem Kloster bedeutenden Grundbesitz. Vom 9. bis 11. Jahrhundert entwickelte sich das Kloster zu einer der wichtigsten Kultur- und Bildungsstätten nördlich der Alpen. In der Schreibwerkstatt entstanden Bücher von einmaliger Ausführung.
Im Spätmittelalter kam es zu einem Niedergang des Klosters, was sich erst unter Abt Ulrich Rösch (1463-1491) wieder ändern sollte. Er führte das Kloster zu neuer Blüte und fasste dessen verstreuten Besitz zu einem Staat zusammen, genannt Fürstabtei St.Gallen. Zur Alten Landschaft zwischen Rorschach und Wil (dem Fürstenland) erwarb er 1468 die Grafschaft Toggenburg. Ausserdem besass die Abtei auch im Rheintal zahlreiche Rechte. Die Fürstabtei St.Gallen zählte 1798 eine Bevölkerung von rund 100 000 Menschen; damit gehörte sie zu den grössten staatlichen Gebilden auf dem Gebiet der Alten Eidgenossenschaft. Nach der Reformation konnte das Kloster wieder eingerichtet werden.
Im 17. und 18. Jahrhundert kam es zur letzten Blütezeit. Vom Glanz dieser Epoche zeugen vor allem die grossartigen Barock- und Rokokobauten im Stiftsbezirk. Dem geistlichen Fürstentum stellten sich jedoch seit den 1780er Jahren auch grosse Probleme. An den schlechten Finanzen und der Frage des Mitspracherechts des Kapitels spaltete sich die Gemeinschaft. Ausserdem breitete sich in Europa der Geist der Aufklärung aus, der die auf Freiheit, Gleichheit und die Befreiung von Abgaben hoffen liess. 1789 brach in Frankreich die Revolution aus. Ihr Geist griff bald auf die Schweiz über. Trotz Zugeständnissen, die das Kloster seinen Untertanen machte, gärte es überall. Dem realitätsfernen Abt, Pankraz Vorster, entglitten die Abtei und der Klosterstaat. Unter dem Einfluss des Ersten Konsuls von Frankreich, Napoleon Bonaparte, ging 1803 der ehemalige Fürstenstaat im neuen Kanton St.Gallen auf. 1805 wurde auch das Kloster aufgehoben. Zurück blieb ein reiches Erbe.
Der monumentalen Kirche gingen mehrere Vorgängerbauten voraus. Ursprünglich stand hier das Bethaus des heiligen Gallus, bei dem der Heilige um 640 bestattet wurde. Die jüngeren Bauten bezogen das Gallus-Grab mit ein. Um 720 (Klostergründung) entstand eine steinerne Kirche. Bereits im 9. Jahrhundert erreichte das Gotteshaus die heutige Länge. Im 15. Jahrhundert wurde ein neuer Chor im gotischen Stil gebaut.
1756 schritten die Mönche zum letzten Neubau der Kirche, der 1766 vollendet wurde. An der Planung hatte der bekannte Baumeister Johann Kaspar Bagnato wesentlichen Anteil, während die Bauleitung in der Hand von Johann Michael Beer lag. Bauherren waren die Äbte Cölestin Gugger von Staudach und Beda Angehrn. Nach Aufhebung des Klosters wurde das Gotteshaus 1824 zur Kathedrale (Bischofskirche). 1961-1967 erfuhr es eine Innen-, 2000-2003 eine Aussenrenovation.
Die Kirche hat einen langgestreckten, rechteckigen Grundriss. Darin ist die Rotunde (Rundbau) in der Art eines Querschiffs eingeschoben. An der östlichen Schmalseite erhebt sich die einprägsame Zweiturmfassade als dominante Schaufront, das Wahrzeichen von Bistum, Stadt und Kanton St. Gallen. Zum plastischen Fassadenschmuck gehören die Figuren der heiligen Mauritius und Desiderius und das Relief mit der Krönung Marias durch die heilige Dreifaltigkeit.
Das Innere der Kirche präsentiert sich als dreischiffige Freipfeileranlage mit zentraler Kuppel (Rotunde). Hochwertige Stuckaturen, Gewölbebilder, Altäre und das Chorgestühl gehören zu den Höhepunkten der Ausstattung. Das Konzept der aufeinander harmonisch abgestimmten Kunstformen stammt von Christian Wentzinger, Bildhauer und Maler.
Der Westflügel des Klosters, in dem sich der weltbekannte Barocksaal befindet, wurde 1758/59 nach Plänen der Baumeister Peter (Vater) und Peter Franz Xaver Thumb (Sohn) erbaut. Der Saal gilt als einer der schönsten barocken Bibliotheksräume im Bodenseeraum. Er besitzt eine ausserordentliche Ausstrahlung: Die Bibliothek zieht wegen dieses Raums und der in ihm gezeigten Ausstellungen jährlich rund 120'000 Gäste an; damit gehört sie zu den meistbesuchten Museen der Schweiz.
Die Grundfläche des Saals bildet ein Rechteck. Aus ihm wächst eine fünf Joche zählende Wandpfeilerhalle (die Pfeiler stehen in die Halle eingerückt), die zwei Stockwerke einnimmt. Ein Gewölbe mit Stichkappen über den Fensternischen – hier lasen und schrieben die Mönche (man beachte die noch bestehenden Klapptische) – überfängt den Saal. Auf halber Höhe führt eine Galerie mit vor- und zurückschwingenden Wangen rund um den Raum. Am Fussboden zeichnen sich vier grosse Sterne und rankenartige Schlingungen ab. Die Holzausstattung, die Harmonie der Bücherrücken sowie das Gewölbe mit Stuckaturen und Fresken prägen den Raum; Kontraste, Farben und Formen gehören zur Gesamtplanung, deren Teile aufeinander abgestimmt sind.
Die Holzausstattung ist ein Werk von Bruder Gabriel Loser, dem die klostereigenen Werkstätten zur Verfügung standen. Den Stuck modellierten 1761/62 Johann Georg und Matthias Gigl, die Gemälde schuf 1762/63 Josef Wannenmacher. Letztere handeln von den Wissenschaften, mit denen sich die Mönche des Klosters St.Gallen beschäftigt haben. Gemalt sind aber auch die Kirchenväter, die als Chronisten und Theologen für die Mönche grosse Vorbilder waren. In der Hauptachse des Saales sind die ersten vier Konzilien der Christenheit dargestellt.
In den Nischen, die über den Pilastern (Halbsäulen) angebracht sind, stehen 20 Putten als Verkörperung von Wissenschaften, Künsten und Handwerkssparten. Die Figuren dürften im Umfeld von Bildhauer und Konzeptor Christian Wentzinger entstanden sein. In den Lünetten (Süd, Nord) sind zwei Gemälde zu sehen: Jesus im Grab (Kopie nach Hans Holbein) und der 1599 im Grab unversehrt vorgefundenen Leib der heiligen Cäcilia. – An der Balustrade (Nord, Süd) verweisen die beiden zeitgenössischen Porträts auf die Äbte Cölestin Gugger von Staudach (Auftraggeber und erster Bauherr der Bibliothek) und Beda Angehrn (zweiter Bauherr und Vollender der Bibliothek).