Das ISOS geht vom heutigen Baubestand aus. Nach einer einheitlichen Methode werden bei der Inventarisierung die Ortsbilder in Ortsteile aufgeschlüsselt. Jedem Ortsteil wird ein Erhaltungsziel zugeteilt, welches Vorschläge zur Bewahrung und Gestaltung verbindet. Die Umsetzung der Erhaltungsziele soll sicherstellen, dass die wertvollen Eigenheiten der Ortsbilder – und damit ihre nationale Bedeutung – ungeschmälert bewahrt bleiben. Zusätzlich zu den Erhaltungszielen bietet das Bundesinventar Anregungen zu einer nachhaltigen Planung, um den Erhalt des baulichen Erbes und die besondere Qualität der Siedlungen für die Zukunft zu gewährleisten. Obschon das Inventar festhält, was Schutz verdient, bildet es keine absolute Schutzmassnahme. Verschiedene Änderungen auf rechtlicher Ebene, insbesondere der Bundesgerichtsentscheid Rüti ZH von April 2009 (BGE 135 II 209), haben jedoch dazu geführt, dass das ISOS nicht mehr nur bei Bundesaufgaben Anwendung findet, sondern bei sämtlichen raumrelevanten Tätigkeiten angemessen zu berücksichtigen ist. Dazu gehören die Richtplanung, Nutzungsplanung und Sondernutzungsplanung. Bis das ISOS, das im Kanton St.Gallen im Jahr 2010 in Kraft trat, in der Nutzungsplanung verankert ist, muss es zudem auch im Baubewilligungsverfahren berücksichtigt werden. Dabei sind im Rahmen der Berücksichtigungspflicht die Aussagen, Hinweise und Empfehlungen des ISOS zum entsprechenden Perimeter und seiner Umgebung in gebührender Qualität und Vertiefung zu reflektieren.