Als "Alpinenhäuser" werden in den Botanischen Gärten ungeheizte Gewächshäuser bezeichnet. Darin lassen sich Pflanzen kultivieren, die im Freiland wegen der winterlichen Kälte, den vielen Niederschlägen oder ungeeigneten Bodenverhältnissen nicht gedeihen könnten, im Tropenhaus jedoch zu warm hätten. Dies sind nicht nur Gebirgspflanzen, sondern auch viele Arten aus dem Mittelmeerraum und vergleichbaren Klimazonen Amerikas und Asiens. Etliche Pflanzen, die in St. Gallen den Winter nur im Alpinhaus überstehen, können rund um den Bodensee bereits ganzjährig im Freien gehalten werden.
Das Alpinenhaus ist nicht nur ein architektonisches Bijou. Es beherbergt auch viele botanische Besonderheiten. Weil die eingetopften Pflanzen je nach Aktualität laufend ausgewechselt werden, stossen interessierte Besucherinnen und Besucher hier stets auf Neuigkeiten.