Der schwedische Botaniker Carl von Linné (1707 - 1778), Schöpfer der bewährten wissenschaftlichen Artbenennung, rechnete Mitte des 18. Jahrhunderts mit insgesamt 10‘000 Pflanzenarten. Heute sind allein schon 260'000 Arten von Samenpflanzen bekannt. Dazu kommen noch über 100‘000 Algen und Moose.
Die Systematik versucht, innerhalb dieser riesigen Artenfülle die zweifellos vorhandenen natürlichen Verwandtschaften zu erkennen. Dazu werden möglichst alle Merkmale wie innerer und äusserer Bau, Inhaltsstoffe, Art des Stoffwechsels, geographische Verbreitung und andere mehr nach dem Grad ihrer Ähnlichkeit geordnet. Zunehmend fliessen auch Erkenntnisse aus der molekularen Biologie ein. Mit diesen „natürlichen“ Systemen entstehen Stammbäume, die gemeinsame Vorfahren der verschiedenen Sippen sichtbar machen.
Neue Erkenntnisse führen immer wieder zu Änderungen in der Benennung. Da der Botanische Garten nicht auf jede neue Erkenntnis der Systematiker mit einem Umbau seiner Systematischen Abteilung und einer Neubeschilderung reagieren kann, wird nie alles dem neuesten Stand entsprechen. Immerhin wurden die radikalen Veränderungen der letzten Jahre durch eine Erneuerung der Systematischen Abteilung in den Jahren 2013/14 berücksichtigt. Es sind die umfangreichen Anpassungen, die von einem Botanikerteam um den britischen Professor Mark Chase (*1951), der Angiosperm Phylogeny Group (APG), 2009 aufgrund von DNA-Analysen vorgeschlagen wurden. Diese Neueinteilungen und Neubenennungen haben 2012 auch in der 5. Auflage der „Flora Helvetica“, dem Standardwerk zur einheimischen Pflanzenwelt, Eingang gefunden.
In der Systematischen Abteilung gedeihen rund 500 Bedecktsamige Pflanzenarten (Angiospermae) aus über 100 Familien.
