Der Wassergarten ist als streng geometrischer Senkgarten gestaltet. In der Mitte befindet sich als ganz klarer Gegensatz zum naturnahen Weiher im System der Seerosenteich, daran angrenzend befinden sich Tröge, die Wasserpflanzen beherbergen. Besondere Seltenheiten sind das Bodensee- Vergissmeinnicht (Myosotis rehsteineri) und die Bodensee-Schmiele (Deschampsia litoralis), zwei einheimische Arten mit ehemals recht grossem Verbreitungsgebiet, die heute bis auf wenige Standorte um den Bodensee zurückgegangen sind. Beide Arten hat der Botanische Garten schon mehrfach vermehrt und Projekten zur Verfügung gestellt, die diese Arten an ehemaligen Standorten wieder ausgebracht haben.
